銜接上季。忍者們離開神秘島，但妮婭的水系元素突然失去了控制，在尋找問題之時(shí)，突然收到來自海底的一個(gè)能量波，于是闖入了水下五千英尋的無盡大海神殿，里面生活著許多海怪（莫羅匹恩人），他們被一個(gè)叫特里瑪?shù)恼卖~怪領(lǐng)導(dǎo)著，但是他的兒子卡爾瑪卻內(nèi)心邪惡，他決定用兩個(gè)護(hù)身符（風(fēng)暴護(hù)身符和海浪護(hù)身符）來喚醒海上巨蟒“沃杰拉”，來造出驚人的破壞力。卡爾瑪為了實(shí)現(xiàn)計(jì)劃，害死了他的爸爸并嫁禍忍者，后得到兩個(gè)護(hù)身符，喚醒了沃杰拉，水淹忍者城。忍者城居民的處境十分危險(xiǎn)。本多瑪擊碎卡爾瑪?shù)臋?quán)杖，卡爾瑪失去對沃杰拉的控制，被沃杰拉吞食。妮雅為了擊敗沃杰拉，不顧自身與海洋融為了一體，最終打敗了沃杰拉，妮雅將海水帶出忍者城，自己也留在了海水中。