市立見(jiàn)瀧原中學(xué)，又迎來(lái)平靜祥和的一天。就讀于二年級(jí)的女孩鹿目圓（悠木碧 配音）和朋友美樹(shù)沙耶加（喜多村英梨 配音）、志筑仁美（新谷良子 配音）盡情討論戀愛(ài)的話(huà)題，享受少女的快樂(lè)青春。這時(shí)班上轉(zhuǎn)來(lái)了名叫曉美焰（齋藤千和 配音）的新生，這個(gè)帶著些許神秘氣質(zhì)的女孩讓小圓頗感疑惑。與沙耶加下學(xué)回家路上，小圓聽(tīng)到呼救聲，聲音來(lái)自一只渾身傷痕累累的未知生物，而追殺它的正是曉美焰。危急時(shí)刻，她們得到同為見(jiàn)瀧原中學(xué)學(xué)生的魔法少女巴麻美（水橋香織 配音）的幫助，進(jìn)而得知那只名叫丘比的生物有能夠幫助人變成魔法少女的能力。少女們無(wú)意間開(kāi)啟了通往另一個(gè)世界的大門(mén)……　　本片為魔法少女的劇場(chǎng)版，分三部上映，由TV版12話(huà)重新編集而成。