本片根據(jù)松本零士的經(jīng)典科幻漫畫改編。或許過去，又或許未來，人類大規(guī)模向宇宙殖民。當(dāng)人口膨脹到五千億的時候，散落在宇宙各個角落的人類返回故土地球，卻引發(fā)了傷亡慘重的歸鄉(xiāng)戰(zhàn)爭。為了保護地球這片圣地，人類制定了蓋亞制裁，約定不許任何人染指這里?？墒窃?jīng)作為聯(lián)合艦隊艦長的哈洛克卻背叛蓋亞制裁，駕駛著他的阿爾卡迪亞號高舉叛旗，成為逃逸一百年之久的通緝犯。聯(lián)合艦隊長官伊索拉指使自己的弟弟亞馬混入阿爾卡迪亞號，探尋尼伯龍根人發(fā)明的永動機的秘密。在此期間，哈洛克率領(lǐng)船員向地球挺近，而聯(lián)合艦..